花鳗鲡隶属于鳗鲡目鳗鲡科鳗鲡属，是一种热带、亚热带江海洄游鱼类。危害养殖花鳗鲡的疾病主要有三类，其中细菌性疾病4种，真菌性疾病1种，寄生虫疾病4种。
1、花鳗鲡烂鳃病
烂鳃病是花鳗鲡养殖过程中最常见、危害最严重的疾病，除了细菌自身大量繁殖破坏鳃丝组织外，其他一些诱发因素也能引起细菌继发性感染而导致烂鳃。
病鳗活力减弱，徒手易捞起，在池边或排污箱或增氧机附近水面缓慢游动，有时呈单鳃呼吸，鳍条偶有充血，鳃部黏脏。
本病病原为嗜水气单胞菌、嗜纤维菌等细菌，在水质良好及鳗鱼体质强健时一般不易发生烂鳃病。
治疗时常用氯制剂、苯扎溴铵、络合碘等试剂，细菌性烂鳃严重的可辅助抗生素来治疗。
2、花鳗鲡的肠炎病
肠炎是花鳗鲡养殖过程中常见的疾病，该病传染速度快、死亡率高，而且容易复发。
其前期症状是食欲显著降低，水面有浮便，病鳗体表一般无充血等显著病变，肛门处有淡黄色粘液流出，后期肠系膜常常充血，有腹水，肠道内有黄色粘液。
本病重在预防，当外界环境突变时，应及时减料或者停食，并做好池水消毒维护等工作，高温期一定要控制投饵率，不要过量投喂，同时严禁使用不新鲜劣质饲料。
治疗时可采用外用消毒，同时内服大蒜或大蒜素粉，严重时可适量添加乙酰甲喹或复方新诺明。
3、花鳗鲡红头病
红头病在花鳗养殖过程中偶有发生，病鳗体弱，常趴在水流缓慢的角落或排污箱池底，头部红肿，胸鳍多充血变红，鳃盖膜肿胀，病鳗时常全身痉挛、来回翻滚而死。
该病爆发常有以下几个原因：养殖密度高、水质恶化、驱虫药或其他药物长期刺激等，平时应注重预防。
一旦爆发，及时隔离病鳗，不能随意倾倒死鳗，应集中焚烧销毁或深埋处理；同时减料或停料，并适当降温，切勿乱用药物。
在死亡高峰期前每天用b一病毒净（双链季铵盐）或戊二醛、苯扎溴铵等消毒杀菌，待高峰期过后再使用抗生素及抗病毒中草药治疗。
4、花鳗鲡肝肾病
此病典型特征是肝脏、肾脏肿大色深，解剖后可见肝脏肿胀，淤血色深或变为土黄色，严重时肝脏溃烂穿孔，肾脏肿大溃烂。
此病主要流行于红虫投喂时的白苗培育期，以及土池养殖的幼、成鳗阶段，在夏秋高温期很容易发生。发生在白苗培育时期，常呈急性病，传染率和死亡率很高，主要与红虫不干净、不新鲜有关；发生在幼、成鳗阶段时多为慢性病，累积死亡率高，不易治愈，主要与高投饵率、水质恶化及寄生虫有关。
因此白苗培育阶段，其投喂的红虫务必干净、新鲜，须漂洗、爬活、盐巴浸泡吐污、消毒杀菌后再行投喂，在高温期控制投饵率，不要饱食，定期驱虫，并做好水质调控，发病后应外用消毒，内服抗生素如氟苯尼考及保肝利胆类试剂等，后期注重水质的恢复。
5、花鳗鲡的鳃霉病
鳃霉主要寄生于鳗鱼鳃丝内部，发病后鳃丝泛白，鳃小片肿大粘连，常附有脏物，其菌丝在鳃组织内不断扩展生长，穿越血管或软骨，阻塞微血管使得鳃丝红白相间状，影响病鳗呼吸，后期常被细菌继发感染而引起综合症。
各类规格的花鳗都会被感染，但主要危害幼鳗、成鳗，相对于水泥精养池，土池养殖更容易发生，当温差变化大如春夏、秋冬季节交替时，或水中有机物过多、水质恶化时易诱发鳃霉病。
鳃霉前期时病症不明显，显微下很难看见鳃霉菌丝体，但此时病鳗鳃部肿胀，鳃粘液很多，后期在溃烂的鳃丝内才能检测到大量菌丝体，因此确诊时应结合多种因素考虑，慎用抗生素。在温差变化的季节要加强水质管理，治疗时常使用氯制剂、水杨酸类、季铵盐类或二硫氰基甲烷等。
6、花鳗鲡车轮虫病
车轮虫是花鳗鲡养殖过程中最常见的寄生虫性疾病，在多个养殖场均有发生。
主要寄生在鳗鱼皮肤、鳍条和鳃上，大量寄生时严重影响鳗鱼摄食，后期常伴有细菌等继发性感染而导致鳗鱼大量死亡。
全年均发生，流行高峰期为春夏季和秋季，尤其在养殖水体受污染或者池内排污不彻底时极易爆发车轮虫病，各种规格的花鳗鲡均受感染，在水泥精养池和土池养殖中均会发生，精养池内爆发的频率更高。
预防时应注重调节水质，及时拔臭，排污彻底，定期驱虫，治疗时使用苯扎溴铵、高锰酸钾或双硫合剂以及中草药驱虫剂等。
7、花鳗鲡的拟指环虫
拟指环虫在花鳗鲡养殖过程中较为常见，但感染率较欧洲鳗、美洲鳗低的多。主要寄生于鳗鱼鳃部，严重影响摄食，很容易导致烂鳃症。
拟指环虫抗逆性强，大部分驱虫药物使用几次后就没有明显效果，目前常用的鳗鱼驱拟指环虫药主要有：阿维菌素类、菊酯类、咪唑类、中草药类（苦碱、贯众、槟榔等）、氯硝柳胺、敌百虫等。
养殖场应备用多种指环虫类驱虫药，不要长期单用某种驱虫药，应搭配使用，同时定期预防驱虫是不错的选择。
8、花鳗鲡的小瓜虫病
小瓜虫主要寄生于鳗鱼体表、鳍条和鳃上，大量寄生时严重影响鳗鱼摄食。通常发生在水温较低的秋冬及春季，危害各类规格的花鳗，在土池中时有发生，精养池内常采用加温措施所以发病率相对较低。
一旦发病其传染率和死亡率相当高，很难治疗，若白苗培育阶段因加温力度不够、水温较低而不慎感染该虫，不及时处理其损失将非常严重。所以花鳗白苗培育时最好将温度维持在30℃左右，发生在幼、成鳗阶段时，生产上可采用杀虫醛或中药类驱虫剂（生姜、辣椒、苦参、苦碱等）进行治疗，有一定疗效。
9、固着类纤毛虫
主要包括杯体虫和累枝虫两种，水温在22一26℃时容易爆发，少量固着时一般危害不大，当水中有机质含量多，日换水量少时，该虫大量繁殖，导致鳗鱼摄食不良。
花鳗白苗培育阶段易感染杯体虫，在黑仔、幼成鳗期间易感染累枝虫，该类虫体常常寄生于鳗鱼口腔上下颚，肉眼可见口腔内较多黄色粘液，大量寄生时口腔充血发红，鳗鱼绝食，活力变弱。当鳗鱼长期不摄食时，除常规检查项目外还应注意病鳗口腔内部，若发现口腔较多黄色粘液或充血变红时应刮取粘液镜检，刮取时应细心，应使用载玻片用力刮取口腔内部，尤其是上下颚齿附近，必要时连同颚齿一同刮下镜检，如此才不至于漏诊误判。治疗时使用高锰酸钾、高碘酸钠、苯扎溴铵、硫酸铜或水体纤虫净（中草药提取素）。
