鱼苗培育可以在孵化池进行或采用虹吸法移入其他池中培育。长吻鮠鱼苗鱼体透明、怕光，紧贴池壁、池角阴暗处头上尾下整齐排列，开口后体色逐渐加深，并逐步集群成团，在饥饿、水质不佳或有病时，呈分散活动。
一开始，水深保持在20-30厘米，放养密度为1 000-2 000尾／平方米，每天投喂一次枝角类，枝角类要经过暂养、过滤和消毒，保持适当密度，隔2-3天排污一次，并换水1/3。随着摄食量的增加，每天投饵两次，排污一次，换水一次。至鱼苗长到1-1.5厘米时，视密度大小进行分池，每平方米800-1 200尾，有条件的可以掌握在每平方米500-600尾。
在鱼苗培育阶段，要观察鱼苗的活动分布状况、饵料生物密度大小以及水质的好坏，做到每天镜检一次。一旦发现情况，要分析原因，及时采取有效的措施。鱼苗长至1. 5-2厘米时，可以进入转食驯化阶段。开始时全部投喂大型枝角类，1-3天后，将枝角类拌在稚鳖饲料中投喂，枝角类尽量多，稚鳖料只起黏结作用，以后逐渐减少枝角类的添加量至完全投喂稚鳖饲料。日投饵3-4次，投饵量为0．5-1小时吃完为宜。5天以后绝大部分鱼苗可转食稚鳖饲料，这时再将长吻鮠饲料和稚鳖饲料互相转食驯化。将完成驯化的鱼种转入室外池塘培育，没有驯化成功的鱼苗，再并池进行第二次驯化。由于长吻鮠主动摄食能力不强，开始时鱼群在哪里，饲料就投喂在哪里，待其适应后，再将饲料投喂到固定的饲料盆中。
在驯化期间，水质管理是重点，应适时换水，一次性换水量一般不超过1/2。要经常清除池内的残饵和排泄物，以防水质败坏。24小时连续增氧，为其营造微流水、高溶氧的环境，可以提高驯食效果和成活率。
鱼病控制是关键，用物理和生物调控的方法，预防鱼病发生。每天要对鱼苗进行镜检，观察是否有寄生虫寄生，操作时必须小心细致，一旦发现，及时治疗。采用此法可缩短驯化时间10-15天左右，驯化成活率可达60%以上，甚至更高。
