水族箱养鱼，要求水清鱼鲜，保持水质的澄清是首要的任务。在夏季炎热时，每日均需清污一次，其他季节可适当延长清污时间。一般每隔4-5天清污换水一次即可。
这是因为，金鱼在呼吸过程中不断排出二氧化碳，养鱼的水液中亦可吸收空气中的一部分二氧化碳（二氧化碳在25℃的水中能溶解0.75%左右），从而造成养鱼容器内水中二氧化碳含量的增多，妨碍了氧气的供应。金鱼排泄的粪尿中的主要成分氨、氮既可以刺激鱼体，又可在水中化合而消耗氧气。另外，金鱼吃剩下的饵料，水族箱中装饰用的水草，在水中时间过久也会腐败变质，分解为有机酸，从而破坏水质。为了保持养鱼容器的清洁卫生，就需要把鱼粪、残饵等污物吸出，并适当添注新水，以防止二氧化碳含量过高，造成养鱼的水液中缺氧现象。
清除污物的方法是用胶皮管吸除沉积在水族箱底部的污物及不洁的浑水，先取胶皮管并灌满水用手指各堵紧两端管口，不要让水流失，然后将胶皮管移至水族箱底部，另一端置于箱外，其位置略低于水族箱底部，下置盛水容器，当两手同时松开时，底部污物即被吸出，再顺序徐徐移动位置，至底部全被清除一遍，底部污物即会被全部吸出。用抹布攘去水族箱壁上的污物和水渍后，再徐徐添入与吸出等量的经过晾晒的新水。
清污操作时，如有水草、奇石等被碰浮起或倒下，应随即恢复原状。同时还要注意，用橡皮管子排水时，要用手提着管壁，以免排水时过大的吸力造成金鱼被管子吸住，引起鳞片脱落而受伤或其它部位的损伤，如水泡眼的破裂等。也不要将沙子吸出来。一般情况下，每次换水只换出原养鱼容器中的1／3至1/2，最多不超过2/3，以避免因水温水质相差而对鱼体造成不利影响。还应该注意的是，在往养鱼容器中徐徐加入新水时，如果里面有较大的山石，可将水注在山石上，以减少水柱冲力对鱼体造成的影响；如果养鱼容器中没有山石，可放入一块洗净的小木板，加水时将水液冲在木板上，并向四周分散，达到缓冲的目的。
如果养鱼容器中藻类太多，卵石等饰物的光泽转为暗淡，细沙转为黄褐色，玻璃内壁夹缝处有黑色的锈渍，水有异臭难闻的气味，这就说明该彻底洗刷换水了。彻底换水的方法是，先用胶皮管将养鱼容器上部的清水吸入清洁容器内待用，再取出水草、石块等饰物，用清水漂洗干净待用。然后用捞鱼网兜将鱼捞起，并用手遮住网之上方，以免金鱼跃出跌伤。
如果是在较大水族箱中养的大鱼，则宜改用铝勺带水一起捞起放入吸出之上层清水中。下一步就是取出变色发臭的细沙、石块等，用清水多次冲洗、搓净，至无味或重现光泽时为止。如有条件换用新沙当然更好。之后是清洁水族箱，玻璃锈渍难以去掉时，可用去污物，如仍不行，则可改用清洁布蘸食醋，在玻璃上反复擦，使玻璃明净。最后是洗刷完毕之后，复按顺序铺沙、置石、种草、入鱼，再添加已晾好备用的新水至原水位时为止。这样，水族箱便可焕然一新了。
