防止玉米串粉混杂，保持优良自交系的纯度和杂交种质量。在隔离条件下，繁育自交系和配制杂交种的地块，称为隔离区。繁育玉米良种如何选择隔离区和隔离方式呢？一般以有下四种。
1、空间隔离
空间隔离又称距离隔离。利用距离避开外来的花粉，达到安全隔离的目的，是一般常用的隔离方法。隔离的距离，对繁育自交系要求严格，必须在500米以上；
配制杂交种也必须在300米以上。在这个隔离距离之内，不能种植任何其它玉米。还应注意地势和风向，在隔离区的地势较低或地处在下风位置时，隔离区的距离还应适当增加。
2、时间隔离
把隔离区的玉米提早或推迟播种，使其花期和邻近其它玉米品种花期错开，达到安全隔离的目的。例如在种植夏玉米地区，当繁育玉米自交系或配制杂交种时，可采用春播隔离。
若同为春播，两者的播种期应错开30天。先种早熟种，后种晚熟种。同时还要注意把隔离区和邻近地块玉米的花期错开。
3、屏障隔离
就是利用山峰、树林、竹林、村庄、房屋等自然屏障，阻挡外来的花粉，达到安全隔离的目的。利用山沟，特别是四周环山的山坳作隔离区比较理想。
4、作物隔离
就是在隔离区的四周或某个侧面，种植60行（行距0.7米）以上的高粱、向日葵等高秆作物，阻挡外来花粉。这种隔离方式，只是在其他隔离方式不符合要求时作为一种辅助措施。
高秆作物的播种期尽量提早，并要加强田间管理，以便在玉米雄穗开花散粉时，高秆作物的株高显著超过玉米，才能确保安全。
5、隔离区的设置
隔离区的数目因配制杂交种类型的不同而异。具体要求如下：
配制双交种：每年需设7个隔离区，即繁殖4个自交系，配制两个单交种，配制一个双交种。
配制单交种，每年需设3个隔离区，即繁殖两个自交系，配制一个单交种。
配制三交种：每年需设5个隔离区，即繁殖3个自交种，配制一个单交种，配制一个三交种。如果在配制单交种、三交种的隔离区内，做到母本及时彻底去雄，父本去杂干净，父本自交系仍能利用，就可以减少自交系繁殖隔离区的数目。
繁殖自交系和配制杂交种面积，要根据杂交种的种植面积、播种量、种子产量、父母本行数的比例条件决定。防止发生种子过剩造成积压，或者因为种子数量不足而影响种子配套，给生产造成损失。
