防除杂草多年生苜蓿早期生长极为缓慢，容易受杂草危害。人工防除杂草费工费时，且效果不理想，目前主要是通过化学除草。
杂草种类：危害多年生苜蓿生长的杂草很多，有些杂草危害牧草有一定的范围，而菟丝子对紫花苜蓿危害严重，应重点防治。
化学防除化学除草剂按其作用分为两大类，一类是选择性除草剂，另一类是灭生性除草剂。选择性除草剂只杀草而不伤害牧草及作物。如2，4－d、西马津、乙氧氟草醚等；灭生性除草剂良莠不分，一概触杀，如敌草隆、五氯酸钠甘草磷等。喷洒除草剂20－－30天后，才能放牧或刈割，以免造成中毒事故。
病虫害防治草地因病害、虫害、鼠害会造成大面积减产，牧草品质下降，严重影响牧草的正常生长。
牧草的主要病害及其防治主要病害有苜蓿锈病、霜霉病、褐斑病、白粉病等。紫花苜蓿发生锈病后，光合作用下降，呼吸强度上升；由于表皮多处破裂，水分蒸腾强度上升，于热时容易发生萎蔫；锈病使苜蓿叶片退绿、雏缩并提前落叶，严重者可减产60%；染有苜蓿锈病的植株含有毒素，不仅影响适口性，而且会导致畜禽食用后中毒。可用代森锰锌（0.2千克/公顷）、氧化萎锈灵与百菌清混合剂（0.4－－0.8千克/公顷）、15％粉锈宁1000倍液喷雾，都可防治苜蓿锈病。
牧草的主要虫害及其防治紫花苜蓿主要虫害有苜蓿叶象虫、苜蓿蚜虫、麦秆蝇、粘虫、蝗虫等。苜蓿叶象虫一般一年发生一代或两代，第一代幼虫盛期在5月下旬至6月上旬，虫期15－28天，该虫主要危害花基部和叶肉，严重者仅剩叶脉，状如网络。可用50％二嗪农每亩150－200克、80％西维因可湿性粉剂每亩100克进行药物防治。
苜蓿蚜虫一般一年发生20余代，常聚集在植株嫩茎、幼芽、顶端心叶和嫩叶、花器上，以刺状吸器吸取汁液，被害牧草由于缺乏营养，植株矮小、叶片卷缩、变黄，严重时全株枯死。
对苜蓿蚜虫可用50％马拉硫磷乳油、50%杀螟松乳油、25％亚胺硫磷乳油1000倍液、40％乐果乳油1000－1500倍液进行化学防治（注意：使用化学药物防治后，半月内不可放牧或刈割晒制干草）。
