西瓜常见的畸形瓜有头大、一头小的葫芦彤瓜，纵径比横径小的扁平瓜以及果实两边发育不均，偏向一边生长的甭瓜（又叫偏头瓜）。
(1)葫芦形瓜。葫芦彤瓜产生的原因，一是授粉质量低，授粉量不足、不均匀，瓜的前端种子多，基部种子少，营养供应不均匀导致前、后部的膨大速度不匀而造成的；二是结瓜初期温度偏低或土壤干旱缺水，幼瓜生长缓慢，而结瓜中后期又遇高温、高湿条件，西瓜膨大较快，从而形成了前大后小的葫芦形瓜：
防止葫芦形瓜，一要进行人工辅助授粉，加大授粉量，并要提高授粉质量；二要保证肥水均匀供应，防止忽多忽少；三要防止结瓜初期温度偏低。
(2)扁平瓜。扁平瓜产生的原因，是结瓜前期的温度偏低，瓜的纵向生长（也即伸长生长）受到抑制所致。因为西瓜坐瓜后首先是进行纵向生长，然后进行横向生长，当前期温度低时，纵向生长速度慢，生长没有达到应有的量，但西瓜生长后期温度正常或偏高时，横向生长速度快出现扁平瓜。
防止形成扁平瓜，一是要合理安排结瓜期，把结瓜期放到温度适宜的范围内；二要加强低温期的增温和保温措施，保持棚温15℃以上；三要加强肥水管理和病虫的防治工作，保护好瓜秧；四要选中节位的瓜留瓜，不要选第一雌花的瓜留瓜。
(3)歪瓜。歪瓜产生的原因有以下几个：①授粉不良。授粉量不足或授粉不均匀时，瓜内的种子容易集中分布于瓜的一侧。通常，瓜内种子多的一侧，营养供应也较多，生长速度快，外部表现为膨大迅速；而种子少的一侧，则因营养供应不足，膨大较慢，从而导致瓜的两侧膨大不均匀，形成歪瓜。②瓜面温度分布不均。一般讲，瓜的朝阳面温度较高，膨大也较快，而瓜的贴地面一侧，则因温度较低，膨大较慢，从而形成了上大下小的歪瓜。③机械损伤。瓜在膨大过程中，局部瓜面受到机械损伤时，受损伤的一面多生长缓慢，从而形成歪瓜。④营养不良。瓜秧生长势弱或遭受病虫危害或小秧结瓜时，会因瓜秧的有效叶面积小，瓜的营养供应不足，而形成歪瓜。
防止形成歪瓜可采取以下措施：①人工辅助授粉。通过辅助授粉，确保花粉量充足，并可避免自然授粉中授粉不均的不足，防止形成歪瓜。②翻瓜。翻瓜可以使瓜的四周受光均匀，防止瓜面温度差异太大，而形成歪瓜。③不留低节位瓜。因为低节位瓜结瓜时，瓜秧尚小，瓜秧的有效叶面积较小，易形成歪瓜。④保护瓜秧。要加强肥水供应和病虫防治，保持瓜蔓茎叶完好。
此外，开花时如果空气湿度太大或柱头有水时，引起花粉破裂造成受精不良，空气过分干燥时造成花粉不能发芽而引起受精不良均会产生畸形瓜。植株营养生长过旺，消耗养分过多，坐瓜后幼瓜得不到充足的养分供应，以及坐瓜节位过远，果实远离瓜根而引起水分和养分供应不足也会产生畸形瓜。
防止植株营养生长过旺，采取促进坐瓜的措施，防止坐瓜节位过远也可防止畸形瓜的产生。
