与施用氮、磷、钾大量营养元素肥料一样，作物施用微量营养元素肥料一般也有两种方式：即土壤施用固体微肥和叶面喷施液体微肥。
但不同的是，由于作物对大量营养元素的需要量大，所以应以土壤施肥为主，通过庞大的根系来吸收；而作物对微量营养元素的需要量少，叶面喷施的效果要比土壤施肥的效果好。据资料，亩产66.7千克皮棉及其茎叶全部营养元素的吸收总量为10.5千克，其中带走的微量元素仅为54.4克，其中：铁28.3克，锰4.9克，锌14.2克，铜2.7克，硼3.9克，钼0．4克。亩产3 333千克的番茄及其茎叶全部营养元素的吸收总量为35千克，其中带走的微量元素仅为91.9克，其中：铁50克，锰9.3克，锌18.5克，铜5.1克，硼8.9克，钼0.1克。对如此很少量的养分，只有采用叶面喷施才是最佳的选择。其理由如下：
(1)用量少，比较经济。土壤施用微量元素肥料，一般是作基肥施用，所以用量大，一般亩施0. 5-2．0千克不等，而叶面喷施微肥，一般浓度很稀，所用肥料则很少，因而叶面喷施微肥比较经济。
(2)避免固定。向土壤施用微肥，由于受土壤条件的影响，会使其有效性降低。例如，在石灰性土壤中，硼能以阴离子的形式被土壤胶体吸附，而降低其有效性；又如，在酸性土壤中，钼也能以离子的形式存在，并被土壤胶体吸附固定，使作物难以吸收利用。而叶面喷施微肥，养分就可以从叶片角质层和气孔进入，不和土壤直接接触，从而避免土壤固定。
(3)养分吸收快、效率高。施人土壤的养分，要通过根系吸收才能进入植物体；而叶面喷施的微肥，能直接与植物茎叶接触，因而吸收和运转都比根部快，利用率也高。
(4)易于控制浓度。由于作物缺乏微量营养元素的浓度与中毒浓度之间的差距很窄，土壤施用微肥用量较大，不易施匀，极易发生局部中毒现象；而叶面喷施微肥，浓度容易控制，比较安全。
(5)减少污染。向土壤施用的微肥，通常用量较大，往往除了一部分被作物吸收外，其余的微肥均残留在土壤中。由于它们多数是重金属元素，如锌、锰、铜等，一旦过量残留于土壤中，就有可能造成污染；而叶面喷施微肥，浓度低，数量少，不会造成土壤污染。
通过以上比较，可以说明叶面喷施微肥具有经济、高教、安全和无污染的特点，它比土壤施用微肥的效果要好得多，成本也低，值得提倡。
