兔子用药本为防病治病，用药不当不仅收不到应有的防治效果，浪费财力人力，甚至造成不应有的兔子死亡损失。科学用药应注意以下问题：
(1)要对症下药：无论是预防用药或是治疗用药，都必须明确投药的目的，因为世上没有万能药，就是所谓广谱抗菌素，用只对某些病原菌有抑制或杀灭作用。其次，不少药物有副作用。以抗菌素为例，它既能抑制或杀灭病原菌，也能抑制或杀灭家兔体内的正常微生物，引起菌群失调而导致家兔腹泻。还有，经常用药还会使兔子产生耐药性（抗药性）。所以，使用疫苗、药物防治兔病，不是“多多益善”，滥用药物搞“大包围”，可能是事倍功半或前功尽弃。
(2)要按规定剂量用药：正规生产的药物或生物制剂（如疫苗），都有用药剂量的说明。所表示的剂量是通过严格试验提出的有效用药量。如拌料或饮水给药方面，药物剂量常用克／吨或ppm表示。1个ppm是百万分之一的意思。如在1吨饲料中加药1克，即表示其药剂量为1个ppm。治疗病兔用药，不少是按兔子的体重给药，即以每千克体重用药量（克／千克或国际单位／千克）来表示。疫苗多以每只兔注射多少毫升标注。
除某些抗菌类药的首次用量或急症、重症，用药量可按规定剂量的2-3倍计量外，一般应按标签说明用药。有部分药物没有专列兔子的使用剂量说明，可参照猪、羊、家禽的用药量。
(3)正确投药：不同的药物有它最佳的投药方式。如难溶于水的药物痢特灵等，不宜采用饮水给药；红霉素、链霉素、壮观霉素等，通过肠道吸收很少，不宜口服而应注射投药。而驱体内寄生虫药，则大多口服更有效。正确投药除考虑途径以外，还要注意投药部位的要求。如不少规定作皮下注射的药，就不能作肌肉注射。
(4)注意药物的配伍：有些药配搭使用，有明显的增效作用，如一般的磺胺类药（磺胺嘧啶、磺胺二甲基嘧啶等）与三甲氧苄氨嘧啶(TMP)和敌菌净，以1:5份配合给药，可提高效果近10倍。但更多的药物有明显的配伍禁忌，如青霉素，遇酸遇碱均易被破坏失效，最好不与其他药物混用。青霉素与四环素、红霉素、新生霉素之间也存在一定的配伍失效副作用。
(5)用药持续时间：一方面，由于一些药物（尤其是抗菌素）对家兔有一定副作用，连续用药时间过长，不仅有使兔子产生抗药性，还会引发其他病症。所以，一般抗菌素连续用药5-7天就必须停药一段时间再用，最好与另一种有同类功效的药物交叉使用。另一方面，抗菌素进入兔体后，还具有药物残留、积蓄到最后消失的过程，如果人食用了含有残留药物的兔肉，则对健康不利。所以，在肉兔上市屠宰前1周，应一律停止用药。
