甘蔗生育期水分过多，蔗田积水或地下水位过高对甘蔗生长发育不利，特别是洪水淹没蔗顶则危害更大，甚至造成失收。广东5～8月是多雨季节，由于暴雨常引起洪涝灾害，特别是珠江三角洲沙围田，地势低洼的基水地和东江、西江下游两岸的洲坝地蔗区影响最大，每年洪汛期间都遭受不同程度的洪涝危害。
1.内涝积水对甘蔗的危害
甘蔗不同生育期抗涝能力不同，苗期和留宿根蔗田抗涝能力最弱。留宿根的蔗田如果积水达一个月或更长时间，将大大影响发株，正在生长的甘蔗，未浸没顶但积水10～15天，根茎叶的生理机能均受到破坏，叶色变黄，长势变差，俗称“发水黄”，根部萎缩，茎缩小，蔗茎常长出气根和抽侧芽，有效茎减少，产量大大降低，积水时间越长，减产就越严重。如果受涝甘蔗浸没顶3～5天，受害较轻。浸没顶5～10天，则死亡率逐渐增大。浸没顶达10天以上死亡严重，蔗头也不能保存。甘蔗受浸后生长点逐渐受害，水退后蔗株会逐渐干枯死亡。甘蔗受洪涝危害的程度，除与受浸时间长短外，还和水流速度及水温高低有关。凡缓慢流动水及水温较低的受害轻。反之则较重。此外，还和株龄及施肥情况有关，株龄老施肥少的受害较轻，反之则较重。
2.地下水位高低对甘蔗生长的影响
蔗田地下水位高低，对甘蔗生长发育影响很大。地下水位过高，甘蔗生长发育不良，实际上也相当于涝害、湿害。据试验和调研得知，在苗期，甘蔗根系分布较浅，地下水位以30公分为宜，进入伸长期，甘蔗根系分布较深，地下水位以100公分左右为宜。地下水位高低与甘蔗产量及含糖率有密切关系。
地下水位越高，减产越大。地下水位２５ｃｍ和５０ｃｍ，其产量比地下水位１００ｃｍ的，分别减产６４.３％和３７.２％，其中宿根蔗减产尤大，而地下水位７５ｃｍ、１００ｃｍ和１２５ｃｍ的甘蔗产量基本上无太大差异。地下水位高含糖份略低，但差异不明显。据在珠江三角洲沙围田地区调研，基水地凡是注意降低地下水位的蔗田，产量均较高。
