瓠瓜疫病为鞭毛菌亚门真菌引起的病害，幼苗期、成株期均可发病，主要危害叶、茎、果实。苗期染病，茎、叶先出现水渍状暗绿色圆形斑，中央逐渐变成红褐色，近地面处缢缩或枯死。成株期叶片染病，初生暗绿色水浸状圆形或不规则形病斑，并迅速扩展。湿度大时，病部腐烂或呈开水烫伤状，干后变为淡褐色。茎染病，生纺锤形水浸状暗绿色凹陷斑，包围茎部且腐烂，最后全株枯死。果实染病，形成暗绿色圆形水浸状凹陷斑，后扩展，致果实腐烂。
与西葫芦疫病、甜瓜疫病、西瓜疫病等其他瓜类作物由鞭毛菌亚门真菌引起的疫病一样，瓠瓜疫病的发生与高温高湿或低温高湿有很大关系。在保护地栽培条件下，灌水过多，或者密度过大、通风不良致湿度过大，特别是叶片等部位有水滴、水膜存在时，病害蔓延速度快。
防治该病，首先要采取延迟浇水、适当通风降湿等措施，控制棚内湿度。避免棚内温度过高，但也要防止温度过低引起寒害，加重病情。及时去除病枝、病叶、病株（刚发生病害的大棚，立即将病株消除。病情较重的大棚，至少将中心病株、重病株拔除），并带出田外烧毁，病穴施药或用生石灰进行封闭处理。药剂防治主要使用大生等代森锰锌制剂，也可以使用70%乙膦铝·锰锌可湿性粉剂500倍液、72.2%普力克水剂600一700倍液、58%甲霜·锰锌可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液、40%福美双可湿性粉剂800倍液等防治。
铜高尚（27.12%碱式硫酸铜悬浮剂，澳大利亚纽发姆有限公司产品，联系电话：021一68554495、68551440）也是防治该病的有效药剂，杀菌谱广，病菌对该药一般没有抗性，可以在发病初期对地上部喷雾和喷淋灌根，主要用来保护健株不受侵染，防止病害蔓延。
也可以试用瑞士先正达作物保护有限公司（电话：010一85181500）的250克/升双炔酰菌胺悬浮剂。双炔酰菌胺对绝大多数由卵菌纲病毒引起的叶部病害有很好的防效。对处于萌发阶段的孢子具有极高的活性，此外还可以抑制菌丝生长和孢子形成。对处于潜伏期的植物病害有较强的治疗作用。由于叶表的蜡质层与该药有很好的亲和力，所以有非常好的持效性。
