辣椒为多次成熟、多次采收的作物，采收期较长，需肥量较多，故除了施足基肥外，还应采收1次施肥1次，以满足植株的旺盛生长和开花结果的需要。
在施用氮、磷、钾肥的同时，还可根据植株的生长情况施适量的钙、镁、铁、硼、铜、锰等多种中微量元素，预防各种缺素症。在花期增施浓度为0.2%的硼肥，加速花器官的发育，增加花粉，促进花粉萌发、花粉管伸长和受精，改善花而不实现象，但浓度千万不能过高。
出苗到现蕾，由于植株很少、叶小，干物质积累较慢，因而需要的养分也少，约占吸收总量的5%。但肥料质量要好，要全面，否则会妨碍开花结果。需要充分腐熟的有机肥和一定比例的磷、钾肥，尤其是磷、钾肥能促进根系发达。辣椒幼苗期就进行花芽分化，氮、磷肥对幼苗发育和花的形成有显著的影响。氮肥过量，易延缓花芽的发育分化，引起植株徒长而引起落花落果。磷肥不足，不但发育不良，而且花的形成迟缓，产生的花数也少，并形成不能结实的短柱花。
定植缓苗后，对氮、磷肥的需求增加，合理施用氮、磷肥可促进根系发育，为植株旺盛生长打下基础。氮肥施用过多，植株易发生徒长，推迟开花坐果，而且枝叶嫩弱，容易感染病毒病、疫病。
现蕾到初花，植株生长加快，营养体迅速扩大，干物质积累量也逐渐增加，对养分的吸收量增多，约占吸收总量的11%。初花期需肥量不太多，应避免施用过多的氮肥，防止植株徒长，推迟开花坐果。应适当供给氮、磷肥，以促进根系的发育。
初花至盛花结果期是辣椒营养生长和生殖生长旺盛时期，也是吸收养分和氮素最多的时期，约占吸收总量的34%。
盛花至成熟期，对磷、钾的需求量最多，约占吸收总量的50%。盛果期是氮、磷、钾肥需求量最多的时期，氮、磷、钾的吸收量分别占各自吸收总量的57%、61%、69%以上。
在成熟果摘收后，为了及时促进枝叶生长发育，这时需较大数量的氮肥。只有供给充足的氮肥，植株才长得旺盛。若偏施氮肥，缺乏磷、钾肥，则会使植株徒长，并易感染病害。施用足量磷肥，能促进根系发育及花芽分化，提早开花结果。钾肥充足，能促进植株吸收氮、磷，加快营养物质的运转，使茎秆粗壮，增强植株抗逆性，并有提高产量、改进产品品质等作用。
