发酵床良好运行的过程就是功能茵群正常生长繁殖的过程。功能菌的生长条件包括垫料要适合碳氮元素比例的营养源、相对充分的氧气供应、合适的温度、适合的水分含量和ph值等。
一、发酵床菌体生长的营养源
粪尿中能量物质包括末被消化利用的碳水化合物、蛋白质利其他含氮物质(粗蛋白)等，是发酵菌群代谢活动的主要能量来源。
生产实践证明，发酵床的垫料原料必须选用碳氮比大于25：1的材料相配合，才能使发酵正常进行。
二、发酵床垫料的透气性
发酵床功能菌的生长活动以有氧发酵占绝对优势。满足氧气供应是保证发酵的前提，同时需要及时排出发酵生成的废气和煎腾的水汽。这就需要垫料有良好的透气性。
反之，如果垫料的透气性差，氧气供应不足，厌氧微生物活动增强，垫料中的微生物以腐败菌群占主导，这样就不能正常降解粪尿，而是生成大量的腐殖质，使氯素积留垫料中，这样垫料会快速老化，最终发酵床功能失效。
三、垫料的吸水性和水分含量
水分是发酵苗群正常生长的基本保证，也是保障垫料中养分和微生物移动的条件。垫料水分含量直接影响发酵床的运行效率和成败。水分过少会抑制发酵菌群生长，但过多对发酵更不利。
水分过多不但使发酵产生的温度过快散失，中间发酵层不能积存较高温度，而且减少垫料中空气的含量、阻碍空气在垫料中的流动和交换，影响发酵过程氧气供应和废气排出。
一般来说，发酵床垫料中水分含量在40％左右最有利于发酵。垫料较强的吸水条件是发酵床保持合适水分含量的重要条件。
四、适宜的酸碱度
发酵床功能菌的适合酸碱度一般在7．5左右。过高过低都损害功能菌的正常生长。正常运行的发酵床垫料会自动调节自身的酸碱度，不用人为特别干预。
虽然发酵过程中产生有机酸类物质，但同时也生成大量的氨。氨是碱性，与酸类中和生成盐类，使垫树酸碱度接近中性。垫料偏碱性时会加速氨气的挥发，使碱性物质减少，而偏酸性条件则利于形成比较稳定的铵盐，减缓氨气的挥发。这样就形成了稳定的酸碱调节机制。
五、适宜的厚度
发酵床垫料必须保持适宜的厚度范围。这有两方面的需要：
一是只有相当的厚度才能保证单位面积内的发酵空间和发酵功率，以满足最大限度地降解粪尿的目的；
二是只有相当的厚度才能有足够的上下保温层保护中间发酵层的热度和正常运行。但垫料太厚，则会导致发酵层温度太高，发酵层透气不良，反而影响发酵效果，同时垫料过厚，不仅使采购垫料的投资过大，也增加以后翻动垫料的难度。
干式和半干式发酵床养鸡适宜的垫料厚度为40厘米左有，而湿式发酵床则要求垫料达到50—60厘米厚度，甚至更厚。
六、适宜的温度
发酵床功能菌的正常生长还需要适合的温度。每种功能曲对温度的适应性也有差异。一般来说，发酵床最适合的发酵温度为30—40℃。特别是在发酵床启动阶段更需要适宜的温度。温度过低不能形成有效的发酵，长时间的低温还会使发形功能面衰败。
在实际应用中，鸡舍内的温度环境完全能达到发酵床发酵的要求，不用专门升温或降温。
