1.猝倒病：幼苗被病菌侵染后，基部产生水渍状病斑，接着病部变黄褐色，缢缩成线状。病害发展迅速，在子叶尚未凋萎之前幼苗即猝倒，拔出后接触病部的表面极易脱落，在子叶下发病的成为卡脖子。有时幼苗尚未出土，胚茎和子叶已普遍腐烂。有时幼苗外观与健苗无异，但贴伏在地面而不能挺立，检查这种病苗，可看到其茎基部已收缩似线条状。湿度大时，在病部及其周围的土面长出一层白色菌丝体。苗床土温底、湿度大、白天光照不足，幼苗生长瘦弱时最易发病。另外，播种量大、幼苗过密、水肥过多、通风不良等因素都可引起发病。
防治方法：①选用无病床土育苗。
②采用0.3%的45%代森锌可湿性粉剂或50%福镁双可湿性粉剂拌种。
③用65%代森锌可湿性粉剂1份，掺细土1000份作种子覆土。
④向床面撒草木灰或细干土，以降低湿度和提高温度。
⑤出苗后发病时可喷64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或喷25%瑞毒霉可湿性粉剂800倍液，或喷50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。也可用500倍70%敌克松原松粉溶液灌根。
2.立枯病：幼苗发病，茎基部先出现椭圆形暗褐色斑，植株地上部分白天萎蔫，夜间恢复正常，随着病情的发展，病斑绕茎1周，整个茎基部干枯收缩，幼苗稍大时，茎基木质化，虽然感病但幼苗直立不倒，俗称“立枯”。立枯病突出的特点是：小苗病部长出白霉，稍大幼苗白霉虽消失，但在病部出现蜘蛛网状淡褐色霉层，猝倒病这种现象不明显。土壤湿度大、低温弱光或密度过大时都易发病。
防治方法：①选用没有种过瓜类的大田土作育苗土，或进行苗床消毒。消毒方法是，用50%多菌灵和细土按1：200做成药土，于播种前撒在畦面上并与床土拌匀，播种后床面再撒一层。
②出苗后出现点片发病时，应及时将上述药土撒于病苗基部，同时将周围发病幼苗基部也撒上药土。③加强苗床管理，注意适时通风、浇水，防止土壤湿度过大，及时间苗，防止徒长。阴冷天气时应尽量提高苗床地温，减少浇水量。
3.生理性病害：
①僵苗：僵苗是西瓜苗期主要的生理障碍。防治措施：选择疏松、通气性良好的田园土或水稻田土作营养土，尽量不用土质黏重的河泥;改善育苗环境，采用地热线或地膜覆盖育苗，提高地温;苗床施用腐熟的有机肥，远离根部轻施复合肥，或喷施叶面肥，防止伤根;适时适量浇水，以免降低苗床温度和地温，不利根系生长;定植时采用高畦深沟，加强排水，适当增施穴肥（腐熟有机肥和化肥）;移栽前注意炼苗，选择冷尾暖头晴天定植，防止定植后遭受低温的影响;防止蚂蚁和其它地下害虫危害。
②徒长苗：西瓜苗生长过于旺盛，出现徒长，表现为节间伸长，叶柄和叶身变长，叶色淡绿，叶质较薄，组织柔嫩。发生原因：西瓜苗床光照不足，温度过高，土壤和空气湿度高，嫁接西瓜育苗过程中，砧木、接穗在温、光、气控制不当时，易出现徒长苗。徒长苗对低温适应性差，容易发生冻害。防治措施：合理调节光、温、湿。苗床温度采取分段管理，适时通风、降湿，增加光照，避免温度过高。降低夜温，加大昼夜温差。在光照不足的条件下，适当降低温度和湿度。
