由于制作工艺和地区饮食习惯的差异，臭豆腐在南北都存在着各自不同的做法，也成就了臭豆腐品种的多样化，其中以北京臭豆腐和长沙臭豆腐为主要代表。臭豆腐的品种多样，臭豆腐的酱料也颇有不同，以长沙臭豆腐为例，长沙臭豆腐多以汤汁和辣椒酱为主要调味料，而北京的臭豆腐乳确实馒头和面食的最佳配品。
长沙臭豆腐，其特点为初闻臭气扑鼻，细嗅浓香诱人。臭豆腐地区的差异主要体现在卤水的差异上，长沙臭豆腐的卤水配料，是采用豆豉、纯碱、青矾（慎用，这是商家为了提高发酵效率而采用的）、香菇、冬笋、盐、茅台酒等共同煮制而成。用黑豆豉煮沸，冷却后加冬菇、冬笋、白酒等作料，浸泡15天。所以长沙臭豆腐的颜色多为黑色。
南京臭豆腐，主要分为两种，一种是灰白色的嫩豆腐，另一种是青墨色的豆腐干。嫩豆腐下油锅炸至金黄色起锅，浇上辣椒酱、芝麻酱、蒜汁、香菜、小葱、姜末，吃起来外脆内酥软，味道香浓；另一种青墨色的豆腐干，炸透之后的臭豆腐敢的表面就会起小泡，颜色由原来的青墨色转变为灰黑色，将这类臭豆腐切成小块，串在竹签上，刷上辣椒酱、芝麻酱等酱料，味道十分可口且有嚼头。
台湾臭豆腐，台湾的臭豆腐源自大陆，但是经过多次改良由有别于大陆的臭豆腐。其表面酥脆，而里面有很多细孔。和大陆北方的臭豆腐闻着臭吃着香的特点不同的是，台湾臭豆腐外面臭里面也臭。台湾臭豆腐在食用是要配上专门的泡菜，酱汁也与大陆的不同，颇有独特的地域风味。
客家臭豆腐，在福建闽西连城客家，当地人喜欢在冬天用缸收集雪，来年夏天在雪水里加入稻草灰和一些佐料，然后以此做卤水用来浸泡鲜豆腐，一天后捞出洗净，浇上香油、青辣椒、蒜泥、元荽末、酱油和盐味少许。用来做小菜佐餐，甚是惬意。
绍兴臭豆腐，绍兴臭豆腐以吴字坊臭豆腐为主要代表，其臭豆腐的主要特点是外酥里嫩、清咸其鲜、味美、亦香亦臭。吴字坊臭豆腐与其他臭豆腐不同的是，其销售形式是，别具一格的包装盒贴上商标，搬到店铺以连锁店专卖形式销售。
