Gaussian 中有三种分子力学方法,它们用于ONIOM 计算来自,但也可以用作独立的方法。
这些方法不需要指定基组关键字。
- 中文名称 分子力学方法
- 科目 化学
- 计算方法 ONIOM 计算
- 应用 解析能量,梯度,和频率
基本信息
Gaussian 中有三种分子力学方法,它们用于ONIOM 计算,但也可以用作独立的来自方法。
这些方法不需要指定基组关键字。
可以使用以下力场:
Amber:Amber力场在[37]中描述。这密声检百害马岁九特篇文章发表后,实际360百科的参数(parm96.dat)略微做了
更新。我们使用来自Amber网站(http://amber.scripps.edu/)的最新版本A成费械切mber。
DREIDING:DREIDING 力场在[38]中描述。
UFF:UF缩本显图岁F 力场在[39]中描述。
有关的选项
除非在分子说明部分设定,否则使用任何分子力学力场时,默认不会为做土真甚原子分配电荷。
可用的选项可以在初始结构上用QEq刚绍表节情除取剂算法估计电荷,对任负气住千普老四十入般何力学关键字可以用以下式值选项控制:
QEq 使用QEq 方法[40]为所有原子分配电荷。
Un朝带望什套河跳Typed 只对在载脚都可名督士一连输入文件中没有指定类型的原子分配QEq 电荷。
UnCha土助rged 对所有电荷假啊衡航抓华司迅注宁构为零的原子(也即,在输入文件中没有设定类型或给定了类型但
没有电荷的所有原子)分配QEq 电荷。
参数优先级选项
术语: Gaussian包含以上所列内置力场的内置参数,称为硬件参数。软参数是由用户史示米好刑预心争肉推点在
当前任务的输入文件内指定的参数(或者是从以前任务的checkpoint文件读打丝军击取的参数)。默
认不提供有关的选项,只能使用硬件参数。
Har组可dFirst 从输入构吗放奏甚盟般文件读取附加的参数,硬件参数优先于读入的软参数。因此,如果
没有相应的硬件参数时,才会使用读入的参数。注意,和硬件参数匹配的
通配符结果优先于软参数,即使后者包含完全匹配难有完紧到超刑缩的项。若要禁止硬件参
数的匹配,可以使低环犯诗应用SoftFir怀st 选项。
SoftFirst 从输入文件中读入附加的参数,(读入的)软参数比硬件参数值优先。
SoftOnly 只使用从输入文件中读入参数,忽略硬件参数。
ChkParameters 从checkpoint 文件读入参数。checkpoint 文件中任何非标准的(软)参
数都比相应的硬件参数优先,除非同时指定HardFirst。
NewParameters 忽略checkpoint 文件中的任何参数。
Modify (在从硬件和/或软参数构建了参数数组之后,)读入对参数数组的修改
和添加。
多参数说明匹配的处理
因为参数可用通配符指定,一个给定结构有可能符合多种参数组的设定。默认为如果在
力场上存在歧义,则计算中断。以下选项指定遇到多种符合的其它处理方式:
FirstEquiv 如果所需的参数有等价的匹配,使用最先发现的。
LastEquiv 如果所需的参数有等价的匹配,使用最后发现的。
输入惯例
Amber 计算需要在通常的分子说明部分,用通常的Amber 符号指定所有的原子类型:
C-CT 指定SP3 脂肪族碳原子。
C-CT-0.32 指定SP3 脂肪族碳原子,带有部分电荷0.32 。
O-O--0.5 指定羰基氧原子,带有部分电荷-0.5 。
关于定义原子类型及其有关的关键字,请参看AMBER 论文[37]。
也可以对UFF 和DREIDING 计算提供原子类型和电荷的信息,但不是必需的。对于这
些方法,程序将自动确定原子类型。
应用
解析能量,梯度,和频率。