16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16来自SrDNA特异引物束院初限义操PCR扩增、扩增产物纯化、DNA的诉皇限岩积测序、序列比对360百科等步骤。是一种第检围试还明快速获得细菌种属信息的方法。英文名称是16S ribos旧打刚站omal DNA identification,应用有细菌种属鉴定。
细菌rRNA(核糖体RNA)按沉降系数分为菜银费止长坏3种,分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列,存在于所有细菌染色体基因中。
16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分根践对子钟,其种类少,含量大(约占细菌RNA含量的80%),分子大小适底反停请城需笑府洋中,存在于所有的生物中占兵距往该杆鲜维,其进化具有良好的命很司调列时钟性质,在结构与功能上具有高度的保守性,素有"细菌化石"之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝,5S、16S、23气胜S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中,约1.5Kb左右,既能体现不同菌属之间的差农座异,又能利用测序技术较容易地得到其序列,故被细菌学家和分类学家接受。
- 中文名称 16SrDNA鉴定
- 外文名称 16S ribosomal DNA identification
- 概念 利用细菌16SrDNA序列测序的方法
- 步骤 细菌基因组DNA提取
进行鉴定
1、16S rRNA 普遍存在于原核生物中。rR降溶值货龙呢业哪切交北NA 参与生物蛋白质的合成过程,其功能是任何生物都必不可少来自的,而且在生物进化的漫长历程中保持不变,可看作为生物演变的时间钟。
2、在 16S rRNA 分360百科子中,既含有高度保守的序列区域,又有中度保守和高度变化的序列区域,得火见序达食算特因而它适用于进化距离不同的思阶己各类生物亲缘关系的研究。
3、16S rRNA 的相对械死致低具适怕著友即足分子量大小适中,约1 540 个核苷酸,便于序列分析。
4、可变区序列因细菌不同而异,恒定区序列基本保守,所以可利用恒定区序列设计引物,将16S rDNA片段扩增出来,利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。
鉴定步骤
1、细菌基因组提取
2、特异引物扩增16SrDNA序列
3、纯化PCR产物
4、DNA测序获得16SrDNA序列
5、与数据库中已知细菌比较促植教白投镇获得样品种属信息
6、选取近似菌种序列,构建系统发育树
应用
1、对未知样品进行快速种属分析
2、为生化鉴定提供指导信息
3、对于难以获得纯培养的细菌,如寄生菌等,使用16SrDNA鉴定是唯一可用的鉴定手段。
不足
1、有的来自菌种由于种间差异小,单独依靠1易货地短杨威6SrDNA鉴定不能鉴据况城当经超例降角陈定到种。需要其它鉴定360百科方法补充。
2、16SrDNA鉴定是基于PCR的鉴种垂宽做药件外再牛药定方法,与其它P指势CR鉴定方法一样存在容易污染,获得假阳性结果,应注意做好阴性对照。